Pada 20 Juli 1998 Partai Keadilan berdiri dengan nama awal Partai Keadilan dalam sebuah konferensi pers di Aula Masjid Al-Azhar, Kebayoran Baru, Jakarta. Presiden partai ini adalah Nurmahmudi Isma'il.
Pada 20 Oktober 1999 Partai Keadilan menerima tawaran kursi kementerian Kehutanan dan Perkebunan dalam kabinet pemerintahan KH Abdurrahman Wahid, dan menunjuk Nurmahmudi Isma'il sebagai calon menteri. Nurmahmudi kemudian mengundurkan diri sebagai pr
Akibat aturan pemilihan umum tentang syarat berlakunya batas minimum keikutsertaan partai politik pada pemilu selanjutnya, Partai Keadilan harus bergabung untuk dapat ikut kembali di pemilu berikutnya. Pada 2 Juli 2003, Partai Keadilan Sejahtera menyelesaikan seluruh proses verifikasi di tingkat Dewan Pimpinan Wilayah dan Dewan Pimpinan Daerah. Sehari kemudian, Partai Keadilan bergabung ke PKS dan dengan penggabungan ini, seluruh hak milik Partai Keadilan menjadi milik PKS, termasuk anggota dewan dan para kadernya.
Setelah Pemilu 2004, Hidayat Nur Wahid terpilih sebagai ketua MPR masa bakti 2004 sampai 2009 dan mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Presiden Partai Keadilan Sejahtera. Pada Sidang Majelis Syuro I Partai Keadilan Sejahtera pada 26 sampai 29 Mei 2005 di Jakarta, Tifatul Sembiring terpilih menjadi Presiden Partai Keadilan Sejahtera periode 2005 sampai 2010. Tifatul Sembiring dipercaya oleh Susilo Bambang Yudhoyono sebagai Menteri Komunikasi dan Informatika. Estafet kepemimpinan berpindah ke Luthfi Hasan Ishaq sebagai penjabat sementara Presiden Partai Keadilan Sejahtera. Pada Sidang Majelis Syuro Partai Keadilan Sejahtera II pada 16 sampai 20 Juni 2010 di Jakarta, Luthfi Hasan Ishaq terpilih menjadi Presiden Partai Keadilan Sejahtera periode 2010 sampai 2015.
